Asal usul bahasa Austronesia telah banyak dikemukakan dalam teori dan hipotesa. Asal-usul bahasa Austronesia sendiri didasarkan pada prinsip-prinsip migrasi. Bahasa-bahasa yang sejauh ini dimasukkan dalam rumpun bahasa Austronesia yang sekaligus dipertalikan dengan sebuah rumpun lain yang disebut Austro-Asiatik terdapat di daratan Asia Tenggara. Kedua rumpun ini sudah disinyalir memiliki pertalian yang berasma-sama membentuk sebuah mikrofilum yang disebut Austria.
Para peneliti telah mengusahakan bermacam-macam klasifikasi mengenai bahasa-bahasa tersebut, seperti Insidore Dyen yang mengajukan teori mengenai tempat asal bahasa-bahasa Austronesia dengan menggunakan leksikostatistik sebagai landasan, Slamet Mulyana yang membandingkan hubungan kekerabatan antara bahasa-bahasa Austronesia dengan bhasa-bahasa di daratan Asia, dan beberapa peneliti lain. namun, dibalik perbedaan pendapat itu, pada umumnya semua peneliti bahasa sependapat bahwa semua bahasa itu termasuk rumpun Austronesia atau dalam rumpun Austro-Asiatik.
Dalam buku yang berjudul Sprachenatlas des Indopazifischen Raumes yang ditulis oleh Richard Salzaner berisi suatu pengelompokan lain yang menyangkut semua bahasa yang bertebaran di kawasan Asia Tenggara dan semua kepulauan di selatan, dari Madagaskar hingga Rapanuli. Menilik lebih lanjut, Insidore Dyen telah berusaha untuk mengadakan pengelompokan atas abahsa-bahasa Austronesia dengan menggunakan Leksikotratistik. Saha ini merupakan satu-satunya kegiatan yang dapat dicatat, yang mepergunakan suatu dasar analissa yang diapaki secara menyeluruh bagi semua abhsa di kawasan ini. Meskipun begitu, Dyen sendiri masih mengakui bahwa ada banyak bahasa yang belum dapat dimasukkan dalam klasifikasi itu secara pasti, karena ketiadaan faktor kosa kata dasar yang dibutuhkan.
Bahasa-bahasa Austria dibagi atas dua rumpun besar yaitu rumpun Austro-Asialik dan rumpun Austronesia. Rumpun austro-Asiatik mencakup semua bahasa yang terdapat di daratan Asia Tenggara. Rumpun bahasa Austro-Asiatik terbagi atas empat kelompok yaitu Austro-Asiatik Barat (kelompok bahasa Khasi, Nikobar, Wa-Palaung-Riang), Austro-Asiatik Timur (Mon, Khmer, bahasa-bahasa Moi), Bahasa-bahasa Cham ( Cham, Raglai, Jarai, campuran Jarai-Rade, Rade), dan bahasa-bahasa Yumbri.
Rumpun Austronesia mencakup semua bahasa yang terdapat di kepualauan anatara Madagaskar dan Pulau Rapanuli di pantai barata Amerika Selatan, dan antara Formosa (Taiwan) dan Selandia Baru. Dalam bukunya, Salzner membagi rumpun bahasa-bahasa Austronesia dalam dua sub-rumpun sebar yaitu bahasa-bahasa Indonesia (Austronesia Barat, atau disebut juga bahasa-bahasa Melayu) dan bahasa-bahasa Oseania (Austronesia Timur atau disebut juga bahasa-bahasa Polinesia. Bahasa-bahasa Oseania oleh Salzner dibagi lagu menjadi sua, yaitu bahasa-bahasa Polinesia dan bahasa-bahasa Melanesia yang mencakup Mikronesia.
Isidore Dyen, berdasarkan perbandingan leksikostatikstinya membagi bahasa-bahasa Austronesia atas bahasa-bahasa Irian Timur dan bahasa-baahsa Melayu-Polinesia. Bahasa-bahasa Melayu-Polinesia dibagi lagi atas tiga sub-kelompok yaitu bahasa-bahasa Hesperonia (bahasa-bahasa Indoensia Barat), bahasa-bahasa Maluku (mencakup bahasa-bahasa Maluku, Flores, dan Timor), dan bahasa-bahasa Heonesia yang mencakup bahasa Polnesia dan ikronesia.
Dari pengelompokan-pengelompokan tersebut terlihat bahwa Salzner menempatkan Austronesia Barat dan Oseania sebagai bahasa-bahasa yang sederajat, sementara Dyes menempatkan bahasa-bahasa Melanesia sederajat dengan bahasa-bahasa Melayu-Polinesia. Dalam analisis pengelompokannya, Dyen menggunakan dasar yang seragam (kosa kata dasar) yang mengadakan komputasi secara leksikostatistik, sehingga hasil yang diperoleh Dyen jauh lebih akurat dan meyakinkan. Prosentase kekerabatan yang lebih kecil antara dua abhasa kerabat menunjukkan bahwa bahasa-bahasa itu lebih dulu berpisah bla dibandingkan dengan bahasa-bahasa lain yang prosentase kata kerabatnya tinggi. Berdasarkan prosentase kerabat itulah Dyen mengadakan suatu pengelompokan lain dari yang sudah lazim, yaitu menempatkan bahasa-bahasa Melanesia sederajat dengan Melayu-Polinesia.
Gorys Keraf dalam buku yang menjadi acuan penulisan artikel ini, yaitu Linguyistik Bandingan Historis mendasarkan pengelompokan bahasa-bahasa Austronesia mengikuti kerangka daar Salzner yang dilengkapi dengan catatan-catatan yang diajukan oleh Dyen. Dengan dasar demikian, bahasa Austronesia dikelompokkan atas Bahasa-bahasa Austronesia Barat atau disebut juga Bahasa-bahasa Indoensia atau bahasa-bahasa Melayu dan Bahasa-bahasa Austronesia Timur atau disebut juga Bahasa-bahasa Oseania atau Bahasa-bahasa Polinesia.
Bahasa-bahasa Austronesia Barat dikelompokkan menjadi dua, yaitu bahasa-baahsa Hesperonesia (Indoensia Barat) dan bahasa-bahasa Indoensia Timur (Maluku). Bahasa-bahasa Hesperonesia, dalam pengelompokan Dyen ditekankan pada penyebutan kelompok atau keluarga bahasa tanpa dikaitkan dengan sitilah atau *Stammbaum-*nya. Bahasa-bahasa Melayu, Sumda, dan jawa dimasukkan dalam satu kelompok dengan bahsa Sasak, Bali, Gayo, Dayak (Sampit dan Ngaju) bersama-sama membentuk suatu keluarga besar, yang setara dengan Bahasa Batak. Sementara bahasa Dayak Murut dan Dusun termasuk dalam kelompok bahsabahsa Filipina. Bahasa Malagai walaupun membentuk kelompok sendiri, tetapi memperlihatkan kekerabatan yang lebih dekat dengan bahsa-bahasa Dayak. Sedangkan bahasa-bahasa Indonesia Timur oleh Dyen dikelompokkan menjadi tiga, yaitu bahasa-bahasa Timor-ambon, bahasa-bahasa Sula-Bacan, dan bahasa-bahasa Halmahera Selatan.
Bahasa-bahasa Austronesia Timur dikelompokkan menajdi dua, yaitu bahasa-bahsa Heonesia (Polinesia dan Mikronesia) dan bahasa-bahasa Melanesia (Melanesia dan Pantai Timur Irian). Pada dasarnya Heonesia lazim dikenal dengan nama Polinesia yang terdiri atas dua kelompok besar Pilinesia dan Mikronesia. Salzner memasukkan kelompok Mikronesia dalam kelompok Melanesia terutama dilihat dari sudut fonologi, morfologi, dan sintaksis. Dari segi Leksikostatistik Dyen membuktikan bahwa Mikronesi lebih dekat ke Polinesia. Polinesia terbagi dalam tiga kelompok yaitu Plinesia Timur, Plinesia Tengah, dan Polinesia Barat, sedangkah Mikronesia terbagi daam sub-kelompok (Krolina Barat, Karoline Tengah, Karolina Timur. sementara itu, bahasa-bahasa Melanesia dibagi dalam lima kelompok besar, yaitu kelompok Selatan, kelompok Tengah, kelompok Utara, kelompok Santa, dan kelompok Papuomelanesia.